مسيره ميسي الكرويه مع برشلونه الجزء الاول
يمكن اعتبار يوم 14 ديسمبر 2000 يوماً تاريخاً في تاريخ نادي برشلونة؛ ففي هذا اليوم نجح السكرتير الفني للنادي في توقيع أول عقد مع الفتى الأرجنتيني ابن الاثنا عشر ربيعاً، حيث تم الأتفاق المبدئي بينهما وتم تدوينه على منديل طعام، لعب ميسي أول مباراة رسمية له مع الفريق الأول في مباراة ودية ضد جوزيه مورينيو عندما كان يدرب بورتو في 16 نوفمبر 2003 (بعمر 16 سنة و 145 يوم).
بعد أقل من عام، استدعاه المدرب فرانك ريكارد ليلعب لأول مرة في الدوري ضد إسبانيول في 16 أكتوبر 2004 (بعمر 17 سنة و 114 يوم)، ليصبح ثالث أصغر لاعب يلعب مع صفوف الفريق الأول وأصغر لاعب يلعب مع برشلونة في الدوري الأسباني (رقم قياسي حطمه زميله بويان كركيتش في سبتمبر 2007).
يرجح الكثيرين أن بداية ليونيل ميسي الحقيقية كانت عندما سجل هدفه الأول أمام الباسيتي، وذلك بعد تمريرة من قبل اللاعب رونالدينيو ليسددها ميسي كرة ساقطة فوق حارس المرمى، وبهذا الهدف استحال ميسي أصغر لاعب في تاريخ برشلونة يسجل هدفاً في الدوري الأسباني، وهو بعمر 17 سنة و 10 أشهر و 7 أيام ، واستمر يحمل هذا اللقب حتى عام 2007 عندما حطم بويان كركيتش هذا الرقم القياسي. قال ميسي عن مدربه السابق ريكارد: «لن أنسى أبدا حقيقة أنه وراء بدء مسيرتي، وأنه وضع ثقته بي حين كنت في السابعة أو السادسة عشرة فقط»
موسم 2005-2006
مقارنة بيليه ومارادونا ستنتهي.
في 16 سبتمبر، أعلن برشلونة، للمرة الثانية في غضون ثلاثة أشهر، تجديده لعقد ميسي حتى شهر يونيو من عام 2014 ؛ وفي هذه المرة حُسبت أجرته كأجرة لاعب أساسي في الفريق الأول.حصل ميسي على الجنسية الإسبانية في 26 سبتمبر سنة 2005 ليتمكن أخيراً من اللعب لأول مرة في أول موسم له في الدوري الإسباني. جرت أول مبارة لميسي على أرض ملعب الكامب نو في دوري أبطال أوروبا بتاريخ 27 سبتمبر من نفس العام، ضد نادي أودينيزي الإيطالي.لوحظ مدى إعجاب المشجعين بميسي، عندما قاموا بالتصفيق له بحفاوة بالغة لحظة استبداله، على ما قدمه في المباراة وانسجامه مع رونالدينيو ، مما أدى إلى فوز لبرشلونة.
أحرز ميسي ستة أهداف في 17 مباراة في الدوري الإسباني، وسجل هدف واحد في دوري أبطال أوروبا في ستة مباريات. انتهى موسمه مبكراً في 7 مارس 2006، عندما تعرض لتمزق عضلي في فخذه الأيمن خلال مباراة الإياب من الدور الثاني لدوري أبطال أوروبا ضد تشلسي. ومع ذلك أنهى برشلونة هذا الموسم كبطل لإسبانيا وأوروبا.
موسم 2006-2007
ميسي في مباراة ضد نادي رينجرز في سنة 2007.
في موسم 2006-07، فرض ميسي نفسه كلاعب أساسي للفريق الأول، بتسجيله 14 هدفاً في 26 مباراة.في 12 نوفمبر، وخلال مباراة ضد نادي ريال سرقسطة، أصيب ميسي بكسر في مشط القدم، أبعده عن الملاعب طيلة ثلاثة أشهر.تعافى ميسي من إصابته في الأرجنتين، وجاءت عودته للعب ضد راسينغ سانتاندر في 11 فبراير، حيث دخل اللقاء كلاعب بديل في الشوط الثاني. في 11 مارس، شهد الكلاسيكو ميسي في قمة مستواه، بإحرازه هاتريك وإهدائه برشلونة التعادل 3-3، وأتى التعادل الأخير في الوقت المحتسب بدل الضائع.وبذلك أصبح أول لاعب، منذ إيفان زامورانو (لريال مدريد في موسم 1994-95)، يسجل هاتريك في الكلاسيكو.كما أصبح أصغر لاعب في التاريخ يحقق هذا الأمر. وبقرب نهاية الموسم بدأ بهز شباك خصومه أكثر فأكثر؛ فتمكن من تسجيل 11 هدفًا من أصل 14 في الدوري للموسم في آخر 13 مباراة.
أثبت ميسي أيضاً أنه "مارادونا الجديد"، من خلال تكرار أهداف مارادونا الأكثر شهرة في العالم في موسم واحد.في 18 أبريل 2007، سجل هدفين في بطولة كأس ملك إسبانيا في النصف النهائي ضد خيتافي، وكان أحد تلك الأهداف شبيهًا إلى حد كبير بهدف مارادونا الشهير ضد إنجلترا في نهائيات كأس العالم لسنة 1986 في المكسيك، المعروف باسم هدف القرن.وقامت الصحف العالمية الرياضية بمقارنته بمارادونا، ووصفت الصحف الإسبانية ميسي بأنه "ميسيدونا" حيث أنه تمكن تقريباً من ركض نفس المسافة، ألا وهي 62 متر (203 قدم)، وتغلب على نفس العدد من اللاعبين (ستة، بما في ذلك حارس المرمى)، وسجل من وضع مماثل للغاية، وركض نحو الراية الركنية مثلما فعل مارادونا في المكسيك قبل 21 سنة.في مؤتمر صحافي بعد المباراة، قال زميل ميسي في الفريق ديكو: "إنه أفضل هدف رأيته في حياتي".سجل ميسي هدفاً آخرًا ضد إسبانيول، كان مماثلاً أيضًا لهدف مارادونا ضد إنجلترا في الدور الربع النهائي من بطولة كأس العالم، إذ قفز نحو الكرة ولامست يده ليركلها داخل شباك الحارس كارلوس كاميني، وقد احتج عدد من لاعبي إسبانيول قائلين بعدم جواز احتساب الهدف بسبب لمس ميسي الكرة، الأمر الذي أكدته لقطات الإعادة، غير أن الهدف احتسب.